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従業員に医師の選択の自由がありますが、受診拒否をそのまま放置すると、会社としては安全配慮義務を果たしていないことになります。万が一過労死などが起きれば会社の責任を追及されることになります。健康診断を受けることが従業員の義務であることを明確にするためにも、就業規則に「正当な理由なくこれを拒むことはできない」と規定することも検討してもよいです。