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少し難しいお話をしますと、労働契約法（第７条本文）では、「労働者及び使用者が労働契約を締結する場合において、使用者が合理的 な労働条件が定められている就業規則を労働者に周知させていた場合には、労働契約の内容は、その就業規則 で定める労働条件によるものとする。」としています。
つまり合理的な就業規則を会社が周知（従業員にお知らせ）をしていた場合には、細かい労働条件については労働契約の内容は就業規則の内容になるということです。また、「就業規則の内容と異なる労働条件」を合意していた部分については、就業規則の条件を下 回るものを除き、その労働契約が優先されます。
原則は，就業規則の内容が優先されます。(労働契約法_第12条)
しかしながら労働契約書を作成する場合は，必ず就業規則の該当箇所を見返して、就業規則の記載と労働契約書の記載が異ならないようにしましょう。
また就業規則とは別に会社と従業員の関係を考える上で労働協約・労働契約なども存在します。

それぞれの違いは

これらの間には優先順位が存在しています。

労働基準法　＞　労働協約　＞　就業規則　＞　労働契約

ただし、労働契約で就業規則の基準を上回り、従業員サイドに有利な特約の場合には、就業規則に沿っていなくても、原則として無効とされません。

例えば、就業規則の記載ではパートの賃金を時給1,000円としていて、個別に契約した労働契約書が時給900円だった場合は、たとえ時給900円で合意していたとしても、就業規則にある記載の時給1,000円の契約が有効になります。

チェックポイント

労働基準法　＞　労働協約　＞　就業規則　＞　労働契約
という優先順位がある。